Existe, no Brasil, um grande problema decorrente da troca de ministros e como esta mudança afeta a gestão de Políticas Públicas brasileiras. De acordo com Kingdon, um dos principais autores responsáveis pela teoria da formulação de Políticas Públicas, é necessário que se abra uma Janela de Oportunidades para a criação de uma Política Pública, a qual é composta por três fluxos: a identificação de uma condição como problema social, o momento político e a proposta de solução apresentada para o problema. Quando estes três fluxos convergem, a Janela de Oportunidades aparece e uma Política Pública é criada.
Como foi citado, o momento político é de extrema importância para a criação de uma Política Pública. Desta forma, decerto existem consequências para estes mecanismos quando há uma mudança política no país, como acontece com a troca de ministros. Em 5 meses do governo Bolsonaro, como demonstrado pelo artigo do G1, três ministros já caíram. Esta situação gera uma instabilidade na gestão de Políticas Públicas já implementadas, pois seu andamento depende de como o novo ministro irá gerenciar o Ministério.
A repentina troca de ministros dificulta a execução de programas a longo prazo, além de atrapalhar o funcionamento da burocracia brasileira e reduzir a eficiência da prestação de serviços. Por provocarem uma descontinuidade no trabalho dos ministérios, as trocas também fazem com que os burocratas tenham que paralisar suas atividades, levando à perda de eficiência. As prioridades políticas de cada ministro levam a prioridades de atuação na área, e a mudança de cargo durante o mandato acaba por mudar também essas prioridades, o que gera modificações em toda a estrutura das atividades do Ministério e de sua burocracia.
Porém, esta situação está longe da normalidade. As Políticas Públicas, apesar de dependerem do momento político para serem formuladas, deveriam ser institucionalizadas o suficiente para que as mudanças ministeriais não significassem diferenças em seu andamento. A agenda deve ser permeável somente à mudanças de natureza social, visto que as demandas da sociedade são modificadas com o passar do tempo, porém a mudança de chefes da política não deve ser visto como motivo para incapacitar seu andamento. Existem mecanismos que levam a essa institucionalização, ou até mesmo à uma obrigatoriedade de dar continuidade à Política Pública, como o Plano Plurianual (PPA), que aponta diretrizes e metas a serem seguidas por todas as instâncias de governo. Com este sistema de metas, por exemplo, o Ministério, mesmo com a troca de ministros, é obrigado a dar continuidade a suas atividades.
Visto que a mudança de ministros seja uma realidade do Brasil – além das mudanças no governo Bolsonaro, o governo Temer contou com a substituição de 15 ministros em 1 ano e 8 meses – é necessário que a burocracia dos ministérios tenha servidores estáveis e seja independente o suficiente para que as trocas de ministros durante o mandato não impeçam o gerenciamento das Políticas Públicas, assim como não reduzam a eficiência do trabalho da área pública. Assim, por mais que a governabilidade do ministro em questão possa ser afetada, a rota do setor público não é desviada e a produtividade não é comprometida.